Non vedo conflitto di interessi.
Tra l'altro non sembra nemmeno riguardare l'involucro o l'impianto.
Per me c'è incompatibilità se il soggetto che redige l'APE è coinvolto decisionalmente nel processo di:
scelta dei materiali e/o
posa in opera degli stessi e/o
certificazione che sono stati rispettati i progetti (dal punto di vista termico!)
ad. es. ritengo che lo strutturista possa tranquillamente emettere l'APE, come pure chi ha fatto l'architettonico se non è entrato nel merito della tamponatura, ma ne abbia solo genericamente indicato lo spessore.