in verità, se volessi essere in regola con quanto prevede la procedura, essendo tu certificatore dovresti certificare lo stato immobile (comprensivo impianto climatizzazione) esistente (non necessariamente funzionante) al momento del sopralluogo
nelle note, se la regione di riferimento ne prevede l'inserimento nell'attestato, potrai inserire "sarà necessario redigere una nuova APE nel caso l'impianto di climatizzazione venga sostituito"
pertanto, in questo caso, sarà comunque necessario redigere una nuova APE dato che comunque verrà installato altro generatore di calore ... a meno che il nuovo inquilino non ne installi uno pressocché identico (stessa fonte e stessa potenza)
altrimenti ... vai di seconda soluzione da te proposta