Secondo me se non vanno a modificare la struttura nella sostanza non occore coibintare. Mi spiego meglio... se non vanno a modificare, ad esempio aperture per finestre e porte-finestre, tali da cambiare le geometrie della facciata, l'involucro non cambia.
Comunque, per quanto riguarda il rifacimento dell'intonaco, non ricordo se veniva menzionato nel 59/09, come esempio, ma la sola applicazione di un intonaco termico, non credo che possa verificare i limiti di legge in corso, per un tipo di struttura del genere (mi immagino misto pietra e mattoni pieni). Se l'applicazione di un pannello a cappotto non è ammesso per ragioni di vincolo architettonico, penso che tu possa descriverlo nella sezione dedicata alle deroghe della relazione 10/91, se devi redigerla.
Saluti,
Fabrizio.