Devo redigere 2 APE (o almeno credo) relativi ad una stessa unità catastale (stesso sub per intenderci), ma con diverse destinazioni d'uso: uffici e laboratorio, che hanno due caldaie distinte. Chiedo conferma quindi del fatto che siano due gli APE da considerare, e non uno solo.

di primo acchito dato che sembra trattarsi di una attività artigianale o simile, farei un APE solo

La risposta esatta alla tua domanda è contenuta nella FAQ 3.15 del MISE.

FAQ 3.15 - DOMANDA: Qualora all’interno di un’unità immobiliare siano presenti una porzione laboratorio (assimilabile alla destinazione d’uso E.8) e una porzione uffici (assimilabile alla destinazione d’uso E.2), che possono essere chiaramente distinte in zone termiche, quante relazioni tecniche in fase di progetto e quanti APE è necessario predisporre?

FAQ 3.15 - RISPOSTA: Gli Attestati di Prestazione Energetica prodotti a far data dal primo ottobre 2015 dovranno essere riferiti all’unità immobiliare, intesa come parte, piano o appartamento di un edificio progettati o modificati per essere usati separatamente. Ciò a prescindere dal fatto che vi siano porzioni della stessa unità immobiliare con differenti destinazioni d’uso, o che l’unità immobiliare abbia in comune gli impianti di climatizzazione e le caratteristiche di altre unità immobiliari dello stesso edificio. Si noti infatti che la suddivisione tra unità immobiliari è legata all’uso separato dal resto dell’edificio, mentre la suddivisione in zone termiche è legata ai parametri energetici di ciascuna porzione.
In merito al caso descritto dovrà quindi essere prodotto un unico APE, contraddistinto da differenti zone termiche; l’unità immobiliare verrà classificata in base alla destinazione d’uso prevalente in termini di valore del fabbisogno energetico totale di zona.
Si noti tuttavia anche che per gli edifici adibiti ad attività industriali, artigianali e assimilabili, l’obbligo di attestazione della prestazione energetica può limitarsi alle sole porzioni di essi adibite a uffici e assimilabili ai fini della permanenza di persone, purché scorporabili agli effetti dell'isolamento termico, sempre che le residue porzioni siano escluse dall'obbligo ai sensi di quanto sopra indicato.

Quindi nel tuo caso:

- due zone termiche, con differenti impianti e con destinazioni d'uso pertinenti (con MC 11300 usando "attiva zona personalizzata") in maniera da differenziare ventilazione e apporti interni.

- Attribuzione all'APE della destinazione d'uso della zona termica che consuma di più. La FAQ parla di "fabbisogno energetico totale di zona"; non si capisce quindi se si tratta di fabbisogno termico (EPH,nd), primario non rinnovabile (EPH,nren), o primario totale (EPH,tot). Sarebbe istintivo riferirsi al fabbisogno di energia primaria totale, ma poichè la classificazioe è fatta sulla base del fabbisogno primario non rinnovabile, se dovessi scegliere attribuirei all'immobile la destinazione d'uso della zona termica con il più alto EH,nren (sommato invernale+estivo).