Per un APE genericamente ti basterebbe creare una zona termica descrivendo tutto l'involucro edilizio disperdente.
Inserisci poi l'impianto termico, tipicamente a livello di edificio e descrivi le dispersioni di distribuzione, ecc.
Potresti indicare due generatori con le rispettive regolazioni, emissioni, distribuzioni ecc., ma per come è costruito il calcolo il primo della lista cerca di soddisfare il fabbisogno, se non ce la fa, attacca il secondo e così via.
C'è una priorità di intervento.
Nel caso in esame lavorano in parallelo e quindi inserendoli semplicemente a livello di edificio non hai il calcolo desiderato.
Per cui si suggeriva di creare due zone, ciascuna con ovviamente la metà della superficie utile e della superficie disperdente, in modo che la somma dei singoli contributi corrisponda al caso di modellazione con una sola zona.
Ora ha senso inserire l'impianto a livello di zona (anche prima potevi, ma se correttamente impostato nulla cambiava rispetto a metterlo a livello di edificio): uno lo metti in una zona, l'altro nell'altra zona; di fatto lavorano in parallelo e ciascuno cerca di soddisfare metà del fabbisogno... e non fai torto a nessuno.
Rispetto a quanto suggeriva Alberto, facevo una ulteriore considerazione: supponiamo che i due locali A e B non abbiano le stesse dispersioni ed apporti, ad es. che il fabbisogno di A sia il 50% più grande di quello di B (magari hanno anche pari superficie, ma uno è a nord e ll'altro a sud, per es.). L'impianto che dedichi al locale A deve lavorare di più rispetto all'altro e se hanno rendimenti diversi vi è una disparità poi di energia primaria calcolata: pertanto se li scambiassi avresti un EPi diverso. Ciò che non ritengo accettabile, vista l'arbitrarietà della assegnazione dell'impianto alla zona.
Per cui suggerivo di creare le due zone in modo da avere un fabbisogno uguale e pari ovviamente al 50% del totale. In tal caso l'EPi non ti cambia con l'assegnazione dell'impianto alla zona.