Dovendo certificare un appartamento, devi trattarlo tutto come unica zona termica riscaldata.
In merito alla diversa tipologia del pavimento, per il fattore capacità termica, orientati sulla scelta di un unico pavimento o sia esso in legno od in piastrelle. Per gli effetti sulla KT lascio a te la valutazione di cosa o meno selezionare ai fini del calcolo.
Credo che il tuo dubbio dipenda dal fatto che come generatore di calore tu abbia degli split.
Più che altro mi preocccuperei della questione della assimilabiltà ad impianto termico per cui vedi se sei nel caso di trattare l'intero appartamento come dotato o meno di impianto.