In un progetto di ristrutturazione del 2012 (richiesta di PC del 12/03/2012) sono stato nominato certificatore VEA (protocollo regionale che ora è stato abrogato, ma che per la parte energetica si richiamava alla normativa nazionale). I lavori sono andati avanti a singhiozzo, e con diverse varianti... ovviamente non della L.10, ma di fatto il risultato è piuttosto diverso dal progetto originale (quasi un 30% di volume riscaldato in più). Il mio contatto con i lavori è il progettista architettonico nonché D.L., che mi ha detto di non pensarci neppure a far fare una variante alla L.10, e che deve chiudere in fretta i lavori. Ora io dovrei produrre l'APE finale (la VEA prevedeva l'APE per il fine lavori, e comunque il committente intende vendere l'edificio anche se inizialmente le intenzioni erano altre), ma il D.L. mi ha chiesto di produrgli anche l'AQE (dopo che gli ho rifatto presente che per il fine lavori adesso serve quello). Il mio dubbio è: posso redarre sia l'AQE sia l'APE? Cosa si intende per "AQE deve essere asseverato dal D.L."... sul modello AQE non è prevista una seconda firma rispetto al compilatore, pertanto serve una dichiarazione a parte che assevera cosa (se non è il DL che lo compila)? Ma sopratutto, su chi ricade la responsabilità per la difformità tra progetto e realizzato? Io ovviamente certifico il realizzato, e pure l'AQE (che non so se produrre a nome mio o direttamente a nome del D.L.) lo farò sul realizzato. Nelle note dovrei inserire un annotazione sulla mancata conformità del progetto, ma credo che il D.L. non apprezzerebbe.
Tra l'altro, molte delle informazioni necessarie per l'APE/AQE, le ho avute solo dal D.L., in quanto essendo il cantiere piuttosto distanze, e sopratutto con lavori a singhiozzo, ho potuto verificare ben poco con i sopralluoghi.

Tutto dipende da chi ha firmato la L10/91: se tu, non puoi fare l'APE.
Altrimenti.
Sì, puoi fare entrambi (AQE e APE).

Ma l'AQE deve essere fatto con le regole vigenti al momento della presentazione del PdC (cfr FAQ MISE), mentre l'APE con quelle vigenti alla sua redazione (quindi fra il fine lavori e i 15gg successivi per non essere incolpati di una tardiva presentazione della abitabilità).
Nello schema attuale di AQE non c'è più il campo della firma del DL, ma se quello precedente (che devi usare) sì c'era doppio campo firma (redattore e DL).
Dovresti quindi usare anche 2 versioni di MC11300.... inizia ovviamente dalla più vecchia altrimenti non importi il file e devi rimodellare il fabbricato.
Per la differenza fra costruito e progetto non mi preoccuperei più di tanto: certifichi quello che vedi ora. Indicare esplicitamente sull'APE che c'è questa difformità forse non serve a nulla se non a creare problemi.
Per i pochi sopralluoghi... mah! molto dipende dal rapporto con DL... è di fiducia? Tu devi ovviamente controllare quanto interessa la parte termica. E' compito del DL che sia tutto conforme al progetto, è compito tuo registratre quello che c'è (eventualmente avvisare DL delle difformità).

Ovviamente no, se no non potevo neppure essere nominato certificatore VEA.

Pertanto usando lo schema vecchio, non serve un asseverazione ad-hoc, mentre con il nuovo, sì? Ma poi, il D.L. che non ha redatto l'AQE, cosa assevera? Come dovrebbe essere in grado di verificare che l'AQE è corretto? Mah...

Azz... ho già modellato tutto con la nuova versione 😢 Ricordo che se n'era discusso tempo addietro, e mi pareva che allora si concluse che il modello AQE della nuova versione andasse bene anche per le pratiche vecchie... chissà se in Aermec possono convertire un file alla dalla nuova alla vecchia versione...

Da parte mia non molta. Ma non ho altra scelta (ho diversi altri motivi per non troncare il rapporto con il D.L. 😉. Il cantiere è quasi 100km di distanza, i lavori sono durati più di 4 anni con diverse interruzioni... dopo un primo sopralluogo in cui avevano appena terminato le demolizioni (pensavo fossero più avanti), quando chiedevo dei lavori, mi si diceva che al momento era tutto fermo, poi all'improvviso mi dissero che i lavori erano quasi finiti, ho fatto un nuovo sopralluogo ma non c'era più molto da vedere; mancavano gli infissi e caldaia ed era circa 1 anno e mezzo fa. Pensavo che da lì a qualche mese avrebbero finito i lavori, invece i lavori sono proseguiti con diverse modifiche, e la settimana scorsa il D.L. mi ha chiamato dicendomi "fammi l'APE che devo chiudere i lavori".

Detto e ridetto... ma il D.L. non vuol sentire ragione. Ha sempre visto la certificazione come fumo negli occhi... o diciamo quasi sempre.
P.S.: * a rigor di logica ci potrebbe anche essere un conflitto d'interesse, ma è inutile giraci attorno: ci sarà sempre tra chi fa un lavoro e chi l'ha incaricato e/o poi dovrà pagarlo.

Giusto per conferma: normativa del 2012, ma con UNI TS/11300:2014, pertanto la versione 2.08, giusto?

UNI TS di allora

Sicuro, sicuro? In base a cosa? Mi pareva che la nuova UNI si applicasse sempre.
Allora si tratterebbe della versione 1.67...

Vedi n°7
http://www.mise.gov.it/images/stories/documenti/FAQ_Edifici_21_10_2015.pdf 

Sì, l'avevo già letto. Ma non so perché (1), pensavo che si riferissi solo alla procedura. Comunque pensandoci è logico che invece si applichino tutte le norme pari-pari a quelle usate per il progetto termico.

(1) Parlando con un collega ex. compagno di classe, che è di opinione opposta alla tua, ho capito il perché: perché quando furono pubblicate le UNI TS/11300:2014, non vi fu alcuna deroga al loro utilizzo. In effetti concordo che è più logico usare la norma dell'epoca tout court, anche perché se no si potrebbero creare situazioni ibride mai esistite (e norme tecniche non applicabili alla legge e viceversa)... ma resta questo dubbio dell'allora inderogabilità.

Prendendo per buona la tua ipotesi, mi sorge però un altro dubbio: il progetto è di marzo 2012... la UNI TS/11300-4 è di maggio. Pertanto nell'AQE non dovrei tener conto delle rinnovabili (PdC e pannelli fotovoltaici)... nel mio caso ho anche una caldaia a metano... ma se non ci fosse?!