Modellando due zone termiche differenti i risultati sono sbagliati.
Il programma non riesce a modellare l'edificio di riferimento quando si suddivide l'edificio reale in più zone, ognuna col proprio impianto.
Per dirla con un esempio da scuole elementari: se il risultato di una divisione è 2 cm e di un'altra divisione è 1 cmq, entrambe possono essere state eseguite correttamente, ma....dopo non è che puoi confrontare tra loro 2 cm e 1 cmq!!
Scomponendo in zone termiche è la stessa cosa: l'edificio reale viene calcolato in un modo, quello di riferimento in un altro: confrontarli tra loro ha solo un risultato: non ha completamente senso. E' appunto come confrontare 2 cm con 1 cmq: sono grandezze diverse.
Per questo motivo, come dice Michele Vignoli, l'unica alternativa è zona termica unica.
Almeno in quel casi i vari edifici sono coerenti tra loro e il confronto ha senso.